De invloed van de voedingstuinbouw is vastgelegd in de organisatie. De stichting GroentenFruit Bureau wordt bestuurd door:
van handelsplatform Frugi Venta
van belangenbehartiger Dutch Produce Association
van de Nederlandse Fruittelers Organisatie
van Greenco
van Rabobank Westland
van GroentenFruit Bureau
Het bestuur stelt op voorstel van de directeur de doelen en meerjarenstrategie van GroentenFruit Bureau vast, evenals de jaarplannen en begrotingen. Inhoudelijk worden de campagnes gestuurd door stuurgroepen.